Pierwsze bardzo enigmatyczne wzmianki dotyczące organów w kościele św. Anny pochodzą z 1650, kiedy to nowy instrument, najprawdopodobniej Georga Nitrowskiego, najprawdopodobniej w formie pozytywu, najprawdopodobniej został umieszczony na chórze muzycznym wzniesionym w latach 1635-1645. Instrument ten był remontowany w 1685 roku przez Johanna Barenstropa i w 1699 roku przez Tobiasa Lehmanna, którzy pracowali w tym czasie także przy wielkich organach w kościele Świętej Trójcy.

W 1710 roku Andreas Hildebrandt otrzymał ten pozytyw w rozliczeniu za zbudowanie nowego instrumentu, bądź też, jak podaje Paul Schmidt pozytyw został sprzedany do niewiadomego kościoła.

Organy Hildebrandta były pierwszym i prototypowym instrumentem zbudowanym samodzielnie przez gdańskiego organmistrza. Architektura prospektu, który jest wbudowany w balustradę chóru muzycznego została powielona w różnych proporcjach w wielu innych instrumentach tego organmistrza, m.in. w zachowanych organach w Pasłęku: wieże piszczałkowe zewnętrzne niższe

na bazie trójkąta zwieńczone koronami oddzielone podwójnymi polami piszczałkowymi od wieży piszczałkowej środkowej na bazie sześcioboku zwieńczonej koroną. Miechy znajdowały się w zamkniętej komorze pod chórem organowym od strony północnej. Prospekt mimo przemalowań

i niewielkich ubytków piszczałek w całości zachował się do naszych czasów. Dyspozycja instrumentu zawarta jest w zbiorze gdańskiego organisty i karylionera Johanna Ephraima Eggerta z 1802 roku.

Klawiatura była umieszczona z tyłu instrumentu, a organista mógł widzieć akcję przy ołtarzy

za pomocą otworu przy szafce gry oraz podłużnego otworu w obrazie nad głową króla Dawida (obecnie zasklepiony).

W 1888 organmistrz Julius Witt przebudował instrument zmieniając położenie stołu gry i dodając dwugłosową sekcję pedałową.

Ten instrument łącznie z szafą organową został w latach 1910-1912 całkowicie przebudowany i zastąpiony nowym, pneumatycznym instrumentem (11/II/Ped) przez gdańskiego organmistrza Otto Heinrichsdorff z Gdańska, który za barokowym prospektem odciętym od reszty instrumentu zainstalował swój nowy instrument prawdopodobnie z częściowym wykorzystaniem piszczałek Witta

z 1888 roku. W czasie Drugiej Wojny Światowej w dniach 30.03-19.04.1944 roku zdemontowano, wywieziono i złożono w stodole parafialnej w Lasowicach Wielkich prospekt organowy wraz z cynowymi piszczałkami. Po drugiej wojnie światowej elementu prospektu wróciły do kościoła, ale nie zostały od razu zrekonstruowane. W 1945 roku instrument został przywrócony do użytku przez Friedricha Schwarza. Początkowo historyczny prospekt został zastąpiony prospektem nowoczesnym składającym się z piszczałek (wolnostojących z wielkich organów) w typie parawanowym. Jednak w trakcie renowacji i przebudowy chóru organowego przywrócono również oryginalny prospekt z 1710 roku. Z braku danych można przyjąć, że mogło mieć to miejsce ok. 1968 roku, równocześnie z rekonstrukcją balkonu organowego z 1703 roku w kościele Świętej Trójcy. Wtedy też uzupełniono organy przez Józefa Adamczyka i Ryszarda Plenikowskiego z Kartuz przy użyciu materiału piszczałkowego z piszczałek prospektowych z wielkich organów z kościoła św. Trójcy. Od tego czasu instrument był remontowany tylko doraźnie w celu utrzymania jako takiego funkcjonowania. Te nieplanowe, wzajemnie niekorzystne naprawy powodowały jednak, że instrument popadał w coraz większą ruinę. Niebagatelną rolę odgrywał też fakt, że jest on mocno zaatakowany przez drewnojady, a dmuchawa i miech zostały umieszczone na poddaszu kościoła, przez co dostarczały powietrze do systemu o zupełnie innych parametrach hydro-termalnych, niż atmosfera otaczająca zespół brzmieniowy powodując ich rozstrojenie i stopniową degradację całego instrumentu. W ostatnich latach (2018-19) częściową sprawność techniczną polegającą na przywróceniu funkcji brzmieniowych niektórych głosów poprzez prowizoryczne zastosowanie materiałów zastępczych w systemie powietrznym otrzymał dzięki pracom naprawczym zrealizowanym przez Józefa Mossakowskiego z Grudziądza, ojca tutejszego organisty w latach 2018-2020 – Michała Mossakowskiego.

Instrument w latach 2021-2023 skrupulatnie odrestaurowano do oryginalnej postaci przy zastosowaniu oryginalnych rozwiązań, które okazały się niedoskonałe w swoich konstrukcyjnych założeniach i najprawdopodobniej funkcjonowały wadliwie od początku. Podjęto decyzję o znacznym poprawieniu funkcjonalności traktury dzięki nieznacznym modyfikacjom w obrębie kontuaru organowego.

Dyspozycja po zakończeniu prac (kolejność na wiatrownicach od prospektu w kierunku tyłu organów)